55 पेपर
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि LuxR-परिवार के डीएनए-बाइंडिंग डोमेन पर प्रशिक्षित एक वेरिएशनल ऑटोएन्कोडर (variational autoencoder) सफलतापूर्वक हाइब्रिड ट्रांसक्रिप्शनल एक्टिवेटर प्रोटीन के साथ नवीन, दोहरे-प्रमोटर पहचान क्षमताओं वाले प्रोटीन उत्पन्न कर सकता है, जो सिंथेटिक जेनेटिक सर्किट के डिज़ाइन स्पेस का विस्तार करने के लिए एक डेटा-संचालित रणनीति प्रदान करता है।
यह अध्ययन फंग-एआई (Fung-AI) प्रस्तुत करता है, जो एक एआई/एमएल-संचालित पाइपलाइन है जिसने सफलतापूर्वक *फ्यूसेरियम ग्रामिनियरम* और *कैंडिडा एल्बिकन्स* के विरुद्ध सक्रियता और कम साइटोटॉक्सिसिटी वाले नवीन 'डी नोवो' एंटीफंगल पेप्टाइड्स को उत्पन्न और प्रयोगात्मक रूप से मान्य किया है, जो तीव्र एंटीफंगल खोज के लिए एक प्रूफ-ऑफ-कॉन्सेप्ट प्रदर्शित करता है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि वर्तमान जीनोमिक भाषा मॉडल यथार्थवादी सिंथेटिक जीनोम उत्पन्न करने में विफल रहते हैं क्योंकि वे स्थानीय अनुक्रम सांख्यिकी को तो पकड़ लेते हैं लेकिन मौलिक रूप से आवश्यक दीर्घ-रेंज संगठन, पुनरावृत्ति तत्वों और विकासवादी बाधाओं को संरक्षित करने की क्षमता का अभाव रखते हैं, जिससे सिंथेटिक अनुक्रम प्राकृतिक वाले से आसानी से अलग पहचाने जा सकते हैं।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि बड़े पैमाने पर जीन संश्लेषण और डीएनए शफलिंग के माध्यम से प्रशिक्षण डेटा की विविधता का प्रयोगात्मक रूप से विस्तार करना मशीन लर्निंग मॉडलों को एक्सट्रपलेशन (extrapolation) सीमाओं को पार करने में सक्षम बनाता है, जिससे अनुक्रम स्थान (sequence space) के पहले से अनछुए क्षेत्रों में नवीन कार्यात्मक फ्लोरोसेंट प्रोटीन की खोज को सफलतापूर्वक निर्देशित किया जा सकता है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि एआई-सहायता प्राप्त सत्यापन, विशेष रूप से बाहरी एपीआई के साथ एकीकृत जेमिनी 2.5 प्रो मॉडल का उपयोग करके, सिंथेटिक न्यूक्लिक एसिड ऑर्डर्स की स्क्रीनिंग करने में मानव विशेषज्ञों के समान सटीकता प्राप्त कर सकता है और लागत को 50 गुना तक कम कर सकता है, जो एक हाइब्रिड दृष्टिकोण का समर्थन करता है जहाँ एआई सूचना एकत्र करने का कार्य संभालता है और मनुष्य अंतिम निर्णय लेने का अधिकार बनाए रखते हैं।
यह अध्ययन सूजन वाले स्तनधारी आंत के भीतर होस्ट-व्युत्पन्न सियालिक एसिड की जटिल, स्थानिक रूप से परिवर्तनशील जैव उपलब्धता को मैप करने के लिए इंजीनियर किए गए *एस्चेरिचिया कोली (Escherichia coli)* होल-सेल बायोसेंसरों का उपयोग करता है, जो मेटाबोलाइट उपलब्धता और सूजन के बीच विशिष्ट क्षेत्रीय गतिशीलता को प्रकट करता है और तीव्र चयापचय टर्नओवर की निगरानी करने तथा चिकित्सीय हस्तक्षेपों को निर्देशित करने के लिए इस दृष्टिकोण की उपयोगिता को प्रदर्शित करता है।
यह अध्ययन कई जीनों में विविध अनुवाद दरों (translation rates) वाले पुटिकाओं (vesicles) की बड़ी आबादी की स्क्रीनिंग करके सिंथेटिक कोशिकाओं के लिए एक संयोजन अनुकूलन रणनीति (combinatorial optimization strategy) प्रदर्शित करता है, जो डीएनए स्व-प्रतिकृति और फॉस्फोलिपिड संश्लेषण मार्गों दोनों के लिए उच्च-प्रदर्शन वाले वेरिएंट को सफलतापूर्वक अलग करता है और जटिल बहु-जीन प्रणालियों के लिए एकल-उत्परिवर्तन डेटा की भविष्य कहने वाली सीमाओं को प्रकट करता है।
यह शोध पत्र एक महत्वपूर्ण रूप से उन्नत, पोर्टेबल ऑर्थोगोनल रेप्लिकेशन सिस्टम (EcORep और VinORep) प्रस्तुत करता है जो *E. coli* और *Vibrio natriegens* में अल्ट्रा-हाई म्यूटेशन रेट और तीव्र कार्यात्मक अनुकूलन को सक्षम करके जैविक गति सीमा के निकट निरंतर जीन विकास को संचालित करता है।
यह शोध पत्र CyanOperon का परिचय देता है, जो CyanoGate MoClo टूलकिट का एक विस्तार है जो *E. coli* और *Synechocystis* sp. PCC 6803 दोनों में छह जीनों तक के सिंथेटिक ओपेरॉन के पदानुक्रमित संयोजन और अभिव्यक्ति को सक्षम बनाता है, जिसे वायलेटसीन उत्पादन, RBS स्पेसर अनुकूलन और तुलनात्मक अभिव्यक्ति अध्ययनों के माध्यम से प्रदर्शित किया गया है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि प्रोग्राम करने योग्य, चरण-पृथक (phase-separated) आरएनए-प्रोटीन सियालोग्रैन्यूल्स को उच्च-एविडिटी सियालिक एसिड लिगेंड्स प्रदर्शित करने के लिए इंजीनियर किया जा सकता है, जो उन्हें लेक्टिन्स को पहचानने और इन्फ्लुएंजा वायरस प्रवेश को रोकने वाले प्रभावी एंटीवायरल डिकॉय के रूप में कार्य करने में सक्षम बनाता है।